由于公司內部承包經營缺乏相應的法律制度，增加了發包公司與承包股東之間的經營風險，加之實踐過程中操作不當，很容易使雙方陷入長期的糾紛之中，抑制公司的長期發展。因此，我們首先要對公司內部承包經營中風險存在的原因有一個清楚的認識。
　　1.公司營業權不能獨立轉讓是內部承包經營風險存在的直接原因。 　　承包股東向發包公司交付一定數額的承包費后，發包公司將公司的經營權承包給承包股東，使承包股東在承包期間享有公司的經營權利。但并不是將發包公司的經營在一定期限內轉讓給了承包股東，而是承包股東在一定范圍內有行使公司經營、管理行為的權利，所以，承包股東并非真正享有經營、管理權。由于企業經營上活動包括企業構成部分、組織與顧客、商品、勞務，及與資金供應者的關系等，經常變動，其客體難以量化，欠缺權利所應具的社會典型公開性，尤其是歸屬及排他的功能。因此，在公司內部承包經營過程中，公司經營權中哪一部分完全由承包股東行使?哪一部分完全由發包公司行使?并不能做出明確的劃分。那么，必然導致在經營權在行使過程中，“你中有我，我中有你”。由于權利的行使人不明確，自然地，產生的相責任人也變得模糊不清，為此，大大增加了發包公司與承包股東之間利益風險。而且，一旦公司經營權在雙方“犬牙交錯”的行使過程中發生“交戰”，利益風險將隨時發生。
　　2.利益之爭是公司內部承包經營風險存在的根本原因。 　　公司作為公司各方參與人利益博弈的平臺，追逐利益的最大化是公司各方參與人參與公司活動的本質愿望。然而，公司分配的公司利益是有限的，甚至還會“賠了夫人又折兵”。因此，為防止公司參與人不當轉嫁自己應承擔的風險，法律設立了多種法律制度，使公司參與人公平分享利益，平等承擔風險。但這些法律制度畢竟是一種制度上的安排，是人們的一種美好愿望，并非公司的實然狀態，其間還不可能杜絕道德風險。公司內部承包在不改變公司法人獨立性的情況下，不但要面臨公司股東之間、公司與代理人之間、公司內部人與外部人之間的利益沖突，還要面臨承包股東與發包公司之間、承包股東與其他股東之間的利益沖突。誠然，公司在發包給股東承包前，雙方對各種風險和利益都作了一定的評估。但是，若實際承包經營中所產生的風險或利益遠遠地超過先前的評估，完全突破了各方“心理底線”時，由于此種經營模式缺乏制度上的保障，那么，利益之爭的戰斗隨時都可能爆發。這就是為什么在經營效益超出尋常豐厚和業績一敗涂地的內部承包公司中，發包公司與承包股東之間最容易“交火”的根本原因。
　　3.潛在風險是公司內部承包經營風險中最為復雜的原因。 　　承包股東在按約定的發包公司交付一定的承包費后，承包經營管理期間公司發生的風險將由承包股東一人承擔。在承包股東承包經營前，發包公司已進行了大量的生產經營活動和其他行為，因此，不可避免遺留下一些隱患。當這些隱患與承包股東承包經營行為相結合而暴發時，責任將如何劃分?
　　承包股東在承包經營期間，掌握著公司的經營管理權，必然要利用一切可利用的權利，利用一切可利用的公司資源。如，人事變動；資產處置；技術資料的掌握等，雖然這些活動在表面上不會給承包公司造成直接的經濟損失，但是，若承包股東在承包經營期間采用“竭澤而漁”、“殺雞取卵”的經營方式，自己牟取暴利后，將一個“皮囊”交還給發包公司。然后用“腳投票”的方式悄然離去，將因此而產生的風險全部留給發包公司。
　　因此，由于公司對各種“潛在危險因素”缺乏“自我免疫力”，而承包經營又具有一定期限，使得公司在經營中的各種潛在的風險在發包公司與承包人之間“流動”，極大地增加了公司內部承包的風險。