公司內部承包經營在實踐中存在著各種各樣的風險，雖然產生的后果完全不相同，但這些風險不外乎來自公司內部和外部。對風險的“路徑”有了客觀的分析，有利于將其“拒之門外”。本文主要從實踐中常見的幾種風險進行探討，但現實中也不僅僅限于這些風險。
　　(一)來自公司內部的風險。 　　1.承包股東的道德風險。
　　承包股東在承包經營期間，掌握著發包公司部分決策權、人事權、監督管理權。當這種權力失去必要監督，完全為承包股東的個人利益服務時，必然產生權力的濫用。
　　將公司經營管理權概括地轉移給另一股東，收取承包費是固然的，但為防止公司在承包經營期間給公司造成侵害或者違約，有必要讓承包股東提供一定的擔保。但是多大的數額才能起到擔保作用呢?公司在經營中存在大量的、不確定的風險，但承包股東在承包經營期間掌持著超載公司董事會的實際控制權，為其轉嫁這些風險大開方便之門，所以，承包股東的提供的擔保并不一定起到擔保作用。另外，公司在實際經營過程中嚴重資不抵債時，承包股東以其承擔有限責任為由，拒絕承擔承包合同約定義務，那么是公司或其他股東通過什么方式要求承包公司承擔違約責任或賠償責任?
　　2.特殊股東主張股東權的風險。
　　在公司內部承包期間，若公司其他股東根據《公司法》第34條的規定，要求查閱公司會計賬簿，在承包股東不予配合的情況下，發包公司如何處理?若該股東向人民法院起訴，要求查閱公司賬簿，在承包股東拒絕提供的情況下，發包公司如何才能實現股東的賬簿查閱權?因為承擔股東賬簿查閱的義務主體是公司，而不是承包股東，所以，股東勿須為此承擔任何責任?！?
　　若在公司股東會對內部承包進行表決時，反對或棄權的股東，根據《公司法》第35條規定，要求公司根據該條或章程規定的分配股利，發包公司是作如何處理?
　　3.監事會的干與風險。
　　承包股東在交納承包費后就享有一定自主經營管理的權利，監事(會)作為發包公司的監察機構，依然要信守發包公司與承包股東之間的約定。監事(會)的法定職權就被承包經營合同的約定所替代，那么，監事(會)事實上就起不到什么的制約作用。當監事(會)行使法定職權時，不免會干擾承包股東的經營管理活動，若因此給承包股東造成經濟上損失，那么，承包股東必然要求發包公司承擔違約賠償責任。但是在發包公司承擔賠償責任之后，如何向監事(會)追償?
　　4.董事會爭奪權力的風險。
　　董事會作為公司的意思決定機關，享有《公司法》第47條、第109條第4款所規定的決策權、人事權、監督權。但是在公司承包給股東經營后，承包股東就享有了幾乎與董事會的大部分職權。雖然公司的一部分經營管理活動交付給了承包股東，但發包公司作為獨立法人，其自身依然要運行和發展，那么董事會就必須承擔起其應有的職責。在如此權力交錯之處，董事會享有比承包股東更有利的優勢：一是其職權法定，可在法律規定的范圍內自由活動；二是其由股東會選舉產生，有強大的“后臺”支撐；三是其行使職務的后果由公司承擔，無后顧之憂；四是其不是承包合同的主體，不受該合同的約束。因此，在公司內部承包過程中，若不對董事會的職權作出有效的限制，內部承包合同就如同一張一捅就破的白紙。
　　5.行為混同的責任風險。
　　在公司承包經營期間，發包公司的法人獨立行為，承包股東的經營管理行為，對內對外都是以發包公司的名義作出的，不然將會導致某些行為無效。責任自負，是一個古老的公理性法理，但是在公司內部承包經營過程中，發包公司的法人獨立行為與承包股東的經營管理行為交織在一起，任何一方都有可能將不利后果推向對方，因此，發、承包雙方都存在為不明確的“公司行為”承擔風險的可能。