價值鏈分析的不確定因素
雖然參與公司價值鏈分析的聯盟企業可以通過它們之間的協調獲得潛在利益，但也可能因伙伴企業的不確定因素
雖然參與公司價值鏈分析的聯盟企業可以通過它們之間的協調獲得潛在利益，但也可能因伙伴企業的不確定因素而產生風險。因此，核心企業進行完整價值鏈分析，必須在充分考慮價值鏈中所有節點企業之間相互依賴關系的基礎上，設計一個治理結構，使其既能適應核心企業業務特點，又能夠處理和控制價值鏈中節點企業可能發生的投機行為而引起的交易風險，來管理和協調價值鏈中企業之間的關系。更重要的是要使節點企業相信，與企業自己通過個別行為和權威的力量追求企業自身最優化相比，核心企業進行整個供應鏈的合作管理會更加有效，便會增加價值鏈中節點企業的合作意向，從而使公司的價值鏈分析成為可能。而參與公司完整價值鏈分析項目的節點企業可能發生的特殊風險及其對企業業績的影響有如下三個方面：
敏感信息的交換
價值鏈中的節點企業進行信息共享的意愿是公司進行完整價值鏈分析的第一個不確定因素。當客戶和供應商互相交換對方的成本和績效信息時，企業會對自己的談判狀況和機密信息泄露給競爭者存有顧慮。因為競爭者可以通過供應商提供的成本信息，了解供應商的相對效率，并利用對自己有利的信息進行投機行為，獲得將來在價格談判上的潛在優勢。特別地，最早參與完整價值鏈分析、改進供應鏈作業項目的供應商，特別擔心核心企業會利用它們所提供的信息直接比較其運營效率，要求自己提高效率，直至網絡平均水平，否則被淘汰出局。因此，如果核心企業不能確保不用這些秘密信息打擊參與完整價值鏈分析合作項目的節點企業，節點企業就不會參與核心企業要求信息共享的、改善完整價值鏈的合作。因此，為了減少供應商信息被濫用的顧慮，核心企業需要對供應商明確說明敏感信息只是用于開發公司供應鏈，實現“多贏”的目標，而不是分類比較供應商效率，迫使供應商提高其效率到網絡平均水平；除此以外，核心企業還需利用完整價值鏈分析的結果與有關供應商共同改進供應鏈中一些效率低下的作業。相反，如果企業不守信用，用投機方式利用供應商所提供的敏感信息，則會在整個供應商網絡內產生強烈的負面影響，從而嚴重降低公司聲譽，對公司缺少信任，也破壞公司與供應商之間的關系，大大降低供應商與其合作的意向，最終惡化供應鏈上所有各方的關系，當然也就談不上降低供應鏈中的潛在成本。實現供應商敏感信息共享的基礎就是供應商對核心企業的信任（如商譽）。當核心企業反復利用敏感信息進行完整價值鏈分析（而沒有投機地利用信息）時，會進一步加強公司與節點企業之間以及節點企業互相之間的信任。由此可見，核心企業在供應商網絡的聲譽以及供應商對核心企業的信任，會對核心企業如何利用信息承諾的可靠性產生影響，也使其成為管理價值鏈中節點企業之間關系最有權威的機制。
成本和利益的公平分配
公司進行完整價值鏈分析的第二個不確定因素在于成本、投資及預期收益的公平分配。解決了誠信問題，企業決定是否參與合作還必須就以下兩點進行分析：第一，進行完整價值鏈分析合作項目的風險及其收益率；第二，聯盟企業預期利益的分配是否公平。Tomkins（2001年）認為只有當公司的合作者能取得與風險相當的收益率、并有希望得到公平份額的利益時，才愿意投資并參與完整價值鏈的分析項目，進而才有可能改善節點企業之間的關系，提高供應鏈中有關作業的效率。因此，基于價值鏈分析，核心企業在調整和改進公司供應鏈、實現了成本控制、提高了作業業績、增加了盈利能力（價值鏈增值）以后，根據所發生的成本、投資及其項目風險，對該價值鏈所增加的盈利進行公平分配非常重要。特別地，如果核心企業為了提高供應鏈的整體業績，需要價值鏈中的節點企業對某項新技術進行投資，節點企業在參與項目之前必須對該投資項目進行評價，通過作業成本模型與公司做進一步協商，以解決成本、利益和投資的共享問題。例如核心企業可以通過與供應商談判，采用上調供應商商品價格的方式，分擔供應商投資，實現利益的公平分配。
對特殊資產投資的使用
前已述及，如果完整價值鏈分析的合作項目需要聯盟企業共同投資某特定資產改進供應鏈時，除了實現合適的收益率，聯盟企業還必須確信核心企業不會將該特定資產挪作他用，并且該資產在此項目之外對核心企業來說價值很低（Williamson，1985年），否則聯盟企業不會出資。這是第三個不確定因素。Gulati和Singh(1998年)認為，如果聯盟企業之間已經通過以往的業務往來關系建立了某種信任，就可以假設聯盟企業之間不會因為進行共同價值鏈分析、互換敏感信息而發生互相投機的行為。然而，如果某節點企業與價值鏈中的其他企業還沒有足夠的信任，但愿意加入完整價值鏈分析的合作聯盟，這時核心企業需要采用一系列正式的控制機制維持各企業互相之間的信任，如要求新加盟企業簽訂關于利益和成本共攤的契約協議、采購量和合作關系的長短、信息交換的保密協議、設備的聯合投資，以及互相抵押等等不同形式的協議，直至由于改進價值鏈而使企業業績發生變化。
敏感信息的交換
價值鏈中的節點企業進行信息共享的意愿是公司進行完整價值鏈分析的第一個不確定因素。當客戶和供應商互相交換對方的成本和績效信息時，企業會對自己的談判狀況和機密信息泄露給競爭者存有顧慮。因為競爭者可以通過供應商提供的成本信息，了解供應商的相對效率，并利用對自己有利的信息進行投機行為，獲得將來在價格談判上的潛在優勢。特別地，最早參與完整價值鏈分析、改進供應鏈作業項目的供應商，特別擔心核心企業會利用它們所提供的信息直接比較其運營效率，要求自己提高效率，直至網絡平均水平，否則被淘汰出局。因此，如果核心企業不能確保不用這些秘密信息打擊參與完整價值鏈分析合作項目的節點企業，節點企業就不會參與核心企業要求信息共享的、改善完整價值鏈的合作。因此，為了減少供應商信息被濫用的顧慮，核心企業需要對供應商明確說明敏感信息只是用于開發公司供應鏈，實現“多贏”的目標，而不是分類比較供應商效率，迫使供應商提高其效率到網絡平均水平；除此以外，核心企業還需利用完整價值鏈分析的結果與有關供應商共同改進供應鏈中一些效率低下的作業。相反，如果企業不守信用，用投機方式利用供應商所提供的敏感信息，則會在整個供應商網絡內產生強烈的負面影響，從而嚴重降低公司聲譽，對公司缺少信任，也破壞公司與供應商之間的關系，大大降低供應商與其合作的意向，最終惡化供應鏈上所有各方的關系，當然也就談不上降低供應鏈中的潛在成本。實現供應商敏感信息共享的基礎就是供應商對核心企業的信任（如商譽）。當核心企業反復利用敏感信息進行完整價值鏈分析（而沒有投機地利用信息）時，會進一步加強公司與節點企業之間以及節點企業互相之間的信任。由此可見，核心企業在供應商網絡的聲譽以及供應商對核心企業的信任，會對核心企業如何利用信息承諾的可靠性產生影響，也使其成為管理價值鏈中節點企業之間關系最有權威的機制。
成本和利益的公平分配
公司進行完整價值鏈分析的第二個不確定因素在于成本、投資及預期收益的公平分配。解決了誠信問題，企業決定是否參與合作還必須就以下兩點進行分析：第一，進行完整價值鏈分析合作項目的風險及其收益率；第二，聯盟企業預期利益的分配是否公平。Tomkins（2001年）認為只有當公司的合作者能取得與風險相當的收益率、并有希望得到公平份額的利益時，才愿意投資并參與完整價值鏈的分析項目，進而才有可能改善節點企業之間的關系，提高供應鏈中有關作業的效率。因此，基于價值鏈分析，核心企業在調整和改進公司供應鏈、實現了成本控制、提高了作業業績、增加了盈利能力（價值鏈增值）以后，根據所發生的成本、投資及其項目風險，對該價值鏈所增加的盈利進行公平分配非常重要。特別地，如果核心企業為了提高供應鏈的整體業績，需要價值鏈中的節點企業對某項新技術進行投資，節點企業在參與項目之前必須對該投資項目進行評價，通過作業成本模型與公司做進一步協商，以解決成本、利益和投資的共享問題。例如核心企業可以通過與供應商談判，采用上調供應商商品價格的方式，分擔供應商投資，實現利益的公平分配。
對特殊資產投資的使用
前已述及，如果完整價值鏈分析的合作項目需要聯盟企業共同投資某特定資產改進供應鏈時，除了實現合適的收益率，聯盟企業還必須確信核心企業不會將該特定資產挪作他用，并且該資產在此項目之外對核心企業來說價值很低（Williamson，1985年），否則聯盟企業不會出資。這是第三個不確定因素。Gulati和Singh(1998年)認為，如果聯盟企業之間已經通過以往的業務往來關系建立了某種信任，就可以假設聯盟企業之間不會因為進行共同價值鏈分析、互換敏感信息而發生互相投機的行為。然而，如果某節點企業與價值鏈中的其他企業還沒有足夠的信任，但愿意加入完整價值鏈分析的合作聯盟，這時核心企業需要采用一系列正式的控制機制維持各企業互相之間的信任，如要求新加盟企業簽訂關于利益和成本共攤的契約協議、采購量和合作關系的長短、信息交換的保密協議、設備的聯合投資，以及互相抵押等等不同形式的協議，直至由于改進價值鏈而使企業業績發生變化。