一個企業管理與運行的制度化首先看內部組織架構的設置，組織結構設計的原則是：適應企業業務的需要，而且內部各個部門權力不交叉也不遺漏，每個部門和每個人權責利明確而一致。票號設計者們沒有學過現代管理理論，但是理論來源于實踐。

　　總部的分號管理制度，主要是通過統一管理、考核制度和報告制度。

　　晉商企業實行總分支機構制,總號設在山西本地,分支機構遍布全國各地以至國外?？偺枌Ψ痔枌嵭屑泄芾?從分號的開立、經營、人員配置、資金、收益等都歸總號調度,實行統一制度、統一管理、統一核算、統一資金調度?？偺枌Ψ痔柕目刂?一是考核制度;二是報告制度?？偺枌Ψ痔柕目己?以“結利疲帳定功過”,且以不對它號造成損失為原則,否則給予處罰。報告制度為書面報告與口頭報告兩種,書面報告有正報、附報、行市、敘事報和年終報告五種,口頭報告是每日晚上面報主管、每年兩次大掌柜(或委托欽差)巡視時分號掌柜面報、班期回總號面報等。

　　票號的銀行密押制度，規避了作業層的風險，這樣一套系統、行之有效的風險控制措施保證了票號與客戶雙方的利益，在山西票號存在的一百多年的時間里，很少發生匯票騙領事件。

　　首先，從總號到每個分號，都有專人用毛筆書寫匯票，并將書寫人的字體報給總號及各個分號，預留備案。這樣，所有在號人員都能夠根據預留的備案識別真假。如果需要更換書寫人員，更換后必須立即將字體報告給總號及各個分號，并預留備案。

　　其次，匯票寫完后，需要加蓋印鑒，印鑒正中有人物像，周邊刻有小字，以防假冒。同時，匯票的金額、時間均設有暗號。只有票號的人才能識別，持票人不知道，這就是所謂的“認票不認人”。山西票號在經營匯兌的過程中，還創造了以漢字作為匯票簽發日期和銀兩數目代碼的暗號，機密度極高。匯票的印刷用麻紙，內加水印，每家票號的用紙、款式、水印都不同，只有各家票號的人才能識別，這樣，匯票就很難被偽造。

　　最后，山西票號還制定了“見票三五日兌付”和兌付后“匯票即焚”制度。這個制度的意思是票號在見票之后，要無償占用顧客款項3到5天，一方面使票號在見票后有時間準備款項，另一方面也是為了安全保險。對于持有匯票的人，見票即付當然好，但是若是匯票被盜竊或者遺失，來不及掛失就會被取走。而“見票三五日兌付”為持票人掛失騰出了時間，同時“匯票即焚”又做到了票號的絕對保密，維護了票號的信譽。

　　票號的資金的管理制度，通過分號之間資金余缺調劑、靈活調撥，一方面保證存、放、匯的順利進行，同時又做到了資金的充分利用。山西票號分號很多，但是由于各個地區經濟狀況不同，各個票號的現金盈虧、行市好壞亦不相同。有的票號現金盈余，款項放不出去，資金閑置；有的票號現金短缺，利率上升卻無款可放。于是，山西票號運用“酌盈濟虛、抽疲轉快”的方法有效地解決了這一矛盾。

　　票號的經營管理制度，根據時局對規模和網點進行調整，有效規避了盲目擴張的風險。山西票號根據經營成本的變化對存貸款利率和匯水（票號運作的收入為匯費，也就是匯水）水平進行適時的升降。例如，逢鏢過節利息上升，匯兌存放要謹慎，不宜大額貪做；分號開設時一般只做匯兌，等熟悉市面后再做存放；根據時局對規模和網點進行調整。八國聯軍侵華時，日升昌的大掌柜適時撤銷了成都、重慶、廣州、漢口、張家口、開封等地的分號并且辭退員工，避免了因戰亂導致的更大損失。另外，制定、實施了一種叫做“預提護本”的利潤分配制度，即在每次分紅時，先按一定比例從利潤中提取一部分資金用于建立風險基金，并實行?？顑Υ?，一旦發生重大意外事件，可以此作為保障，以維持正常經營。