在啤酒的日常生產中，發酵時被雜菌污染時有發生，這些有害微生物對啤酒的品質有很大的影響。按照對氧氣的需求，常見的雜菌分為：好氧微生物、微好氧微生物、兼性好氧微生物、絕對好氧微生物四大類群。具體主要種類有：

    　一、腸道細菌：發酵車間經常可以檢測到如歐式桿菌屬、克式桿菌屬、多變桿菌屬等，它們存在于植物、土壤和水中。腸道細菌在大麥中繁殖迅速，能產生爛白菜的氣味，甚至有H2S的味道。在麥汁和發酵初期，也極易迅速繁殖，危害到啤酒的風味。但它在pH4.0以下，2.0%乙醇啤酒中不能繁殖。

    　二、變形肥大桿菌：污染后會使啤酒產生二甲硫味。它在pH低于3.9時不能生長，但耐6.0%乙醇。

    　三、乳酸菌：是啤酒工廠污染的主要細菌，其中包含乳酸菌和足球菌兩個屬。它們廣泛存在于發酵罐、管道、閥門、啤酒殘液中。前者不耐酒花且在低溫下生長緩慢，所以不污染啤酒發酵過程；后者會導致啤酒酸化，產生雙乙酰味，同時會分泌莢膜多糖，使啤酒粘稠、渾濁。

    　四、醋酸菌：可以通過空氣污染啤酒。污染后會使啤酒有明顯的酸味且渾濁。對酒花不敏感，耐酸耐酒精強。

    　五、發酵單胞菌：在較廣的pH范圍內生長。污染后會使啤酒變味。對酒花不敏感，耐酸耐酒精強。

    　六、其他雜菌：如啤酒巨形球菌等都會給啤酒帶來難聞的氣味。
    　因此，在啤酒釀造過程中, 保證啤酒種酵母的絕對主導地位，以及盡可能加大對其他微生物的控制,是保證啤酒品質的關鍵。