2008年，牛根生剛好50歲，但突如其來的“三聚氰胺事件”,打亂了牛根生的退休計劃。當時蒙牛方面還曾為此公開表示，不希望牛根生在公司困難的時刻退休，其本人也表示當時不是退的好時機。

　　乳業知情人士透露，真正讓牛根生淡出蒙牛重要一步的還是資本的力量。2009年7月，蒙牛引入中糧及厚樸基金為戰略投資者，后兩者以20.03%的股份登上蒙牛乳業第一大股東的位置。這也是牛根生首次讓出蒙牛乳業的控股權。

　　隨著控股權的旁落，牛根生在上市公司中國糧油(控股)有限公司(0606.HK)中的職務也有了相應調整，由蒙牛乳業上市公司的執行董事轉為蒙牛乳業董事局主席，而楊文俊則由蒙牛乳業執行董事轉為總裁，2009年8月，牛辭去蒙牛集團董事長職務，來自中糧的于旭波被委任為蒙牛集團的董事長。

　　蒙牛內部人士表示，中糧入股后，確實恪守了當初“不參與蒙牛具體經營管理，不改變現有經營團隊連續性和穩定性，不改變目前戰略方向”的“三不原則”，公司大小事務多是由楊文俊在抓。而此時已退居董事會主席的牛根生，開始與公司的具體事務漸行漸遠了。

　　在乳業專家湯志慶看來，自2009年蒙牛控股權發生變化后，牛根生的引退已是必然。之所以留有3年的過渡期，主要是因為快速消費品行業的很多營銷政策具有連續性，牛根生這樣對蒙牛具有符號意義的高管的貿然辭職，對經銷商團隊以及公司的管理團隊的穩定不利。如今經過3年的過渡，中糧接手的時機已經成熟。

　　不過蒙牛官方未對牛根生的離職再有更多評論。記者聯系蒙牛乳業相關負責人時，被告知一切以公告內容為準。