因為新鮮的金針菇中含有秋水仙堿，人食用后，容易因氧化而產生有毒的二秋水仙堿，它對胃腸黏膜和呼吸道黏膜有強烈的刺激作用。一般在食用30分鐘至4小時內，會出現咽干、惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等癥狀；大量食用后，還可能引起發熱、水電解質平衡紊亂、便血、尿血等嚴重癥狀。
　　
　　秋水仙堿易溶于水，充分加熱后可以被破壞，所以，食用鮮金針菇前，應在冷水中浸泡2小時；烹飪時把要金針菇煮軟煮熟，使秋水仙堿遇熱分解；涼拌時，除了用冷水浸泡，還要用沸水焯一下，讓它熟透。另外，市場上出售的干金針菇或金針菇罐頭，其中的秋水仙堿已被破壞，可以放心食用。
　　
　　但是，金針菇并非人人皆宜。傳統醫學認為，金針菇性寒，脾胃虛寒、慢性腹瀉的人應少吃；關節炎、紅斑狼瘡患者也要慎食，以免加重病情。