綠色食品質量管理制度的特點包括質量管理制度的全程性、質量管理制度的多層次性、質量管理制度的可操作。綠色食品質量管理制度體系貫穿綠色食品發展的始終，并直接影響和促進綠色食品產業的健康快速發展。綠色食品質量管理制度涉及綠色食品產業發展的全過程和各個層面，且銜接緊密、相互配套，構成了一個比較完整的制度體系。

　　綠色食品質量管理制度體系貫穿綠色食品發展的始終，并直接影響和促進綠色食品產業的健康快速發展。綠色食品質量管理制度涉及綠色食品產業發展的全過程和各個層面，且銜接緊密、相互配套，構成了一個比較完整的制度體系，具有十分鮮明的特點：
 
　　質量管理制度的全程性。從綠色食品產業鏈條看，質量管理制度是一個由多環節構成的制度體系，包括生產基地質量管理、產品加工質量管理和生產銷售質量管理等方面。此外，每個環節還包含多個管理層次。基地生產前階段，主要有環境評價、環境檢測等制度。基地生產過程階段，主要有生產管理、投入品管理等制度。
 
　　質量管理制度的多層次性。綠色食品質量管理制度是一個體系，其具有多樣性和多層次性的特征，并從綠色食品質量管理制度制訂層面延伸到基地農戶、生產企業和市場銷售的管理層面，再由制度執行效果層面延伸到綠色食品生產和經營的各個層面。以綠色食品生產基地質量管理制度為例：從制度制定層面看，有組織管理制度、驗收制度、監督管理制度；從制度執行效果層面看，主要有產業化經營管理制度等。這三個層次的制度并非截然分開，有些制度是相互交叉的。制度體系這一多層次特征比較符合綠色食品質量管理的實際，消除了制度執行的盲點和薄弱面，這也是綠色食品質量水平不斷提升的一個關鍵要素。
 
　　質量管理制度的可操作。從調查情況來看，方便操作是綠色食品質量管理制度體系的另一個顯著特征，這個特征符合農村生產實際，符合一家一戶的生產經營體制。如何通過制度指導和規范農戶的生產過程，是各級政府和管理部門必須充分考慮的問題。對整個綠色食品質量管理而言，制度體系對綠色食品發展和管理更為重要。