綠色食品質量管理制度重在實施和落實，應注意多方面的事項：充分發揮政府在制度實施中的主導作用、充分發揮質量檢測部門的配合作用、充分發揮各職能部門在制度實施中的骨干作用、充分發揮農戶在制度實施中的主體作用。

　　充分發揮政府在制度實施中的主導作用。各地普遍成立農業及綠色食品質量管理領導小組，由政府分管農業的領導牽頭，負責綠色食品質量安全管理制度的組織和落實。
 
　　充分發揮質量檢測部門的配合作用。質量檢測是落實綠色食品質量管理制度的重要手段。要圍繞擴大綠色食品產品檢測覆蓋面，投入財政資金，加強檢驗檢測體系建設，增強檢測機構實力，逐步形成以國家級檢測檢驗機構為主，以地方為輔的網絡化監測檢驗體系，增加各地國家級環境、產品檢測檢驗機構和省級環境、產品檢驗檢測機構的數量。在市（地）級以上的檢測機構設立色譜實驗室，配備先進的儀器設備，使之具備檢測農產品中的農藥等質量安全指標的能力，以承擔糧油、乳制品等產品的檢測任務。
 
　　充分發揮各職能部門在制度實施中的骨干作用。針對綠色食品產業鏈條長、經營分散等現實問題，各地應采取部門聯動、分段落實、合力管理的辦法，確保制度落實的成效。政府各有關部門之間的密切配合具體表現為職能部門充分履行各自職責，共同做好綠色食品質量管理工作。對綠色食品產品及投入品質量安全狀況定期開展檢查，防止不合格的產品進入市場。
 
　　充分發揮農戶在制度實施中的主體作用。針對現階段農戶分散經營的實際，各地應注意運用各種行之有效的手段和方式，充分調動農戶參與維護綠色食品質量安全的積極性，實現由“管理我”到“我監管”的轉變。重點是在全面推行統一品種、統一投入品、統一栽培方法、統一田間管理、統一技術指導的生產模式的同時，建立健全以確保“三品”質量安全為核心的農戶聯保責任制度。