結束的兩會審議通過的《國務院機構改革和職能轉變方案》(簡稱《方案》)提出，將國務院食品安全委員會辦公室以及國家食品藥品監督管理局的職責、國家質量監督檢驗檢疫總局的生產環節食品安全監督管理職責、國家工商行政管理總局的流通環節食品安全監督管理職責加以整合，組建國家食品藥品監督管理總局，其主要職責是對生產、流通、消費環節的食品安全和藥品的安全性、有效性實施統一監督管理等。將工商行政管理、質量技術監督部門相應的食品安全監督管理隊伍和檢驗檢測機構劃轉食品藥品監督管理部門。保留國務院食品安全委員會，具體工作由國家食品藥品監督管理總局承擔。國家食品藥品監督管理總局加掛國務院食品安全委員會辦公室牌子。同時，不再保留國家食品藥品監管局和單設的食品安全辦。

     在實際管理過程中容易出現職責不清和權責不明的監管盲區，“九龍治水”模式曾被公眾詬病，稱“幾個部門管不了一頭豬，十幾個部門管不了一桌菜”。

     好食品安全監督管理工作的銜接，明確責任，《方案》提出，新組建的國家衛生和計劃生育委員會負責食品安全風險評估和食品安全標準制定；農業部負責農產品質量安全監督管理，并將商務部的生豬定點屠宰監督管理職責劃入農業部。

     國家食品藥品監督管理總局正式掛牌。在整合監管職責基礎上組建的國家食品藥品監管總局，能否改變我國食品領域多部門分段監管的“九龍治水”模式，讓食品安全領域少了主管的“婆婆”，增強監管效率？

     大學法學院副教授宋華琳認為，答案是肯定的。“這次改革，將是我國食品藥品監管領域一次重要的制度創新。”宋華琳認為，新的食藥監管部門可以更好地整合食品藥品監管的行政資源、技術資源、信息資源，一方面可以圍繞特定的監管目標、監管重心、監管事項，更好地統一調配監管資源，更有效率地查處食品藥品市場中的違法行為；另一方面也能降低食品藥品市場中守法者的守法成本，減輕被監管者的負擔。

     家食品藥品監督管理總局的成立扣動了機構改革‘扳機’，‘扳機’一旦扣動就得‘讓子彈飛’，而不能讓‘子彈’在槍膛里爆膛。”國家行政學院公共管理教研部教授宋世明接受采訪時表示，國家食品藥品監督管理總局的成立不是部門職責整合的結束，而是開始。一方面，國家食品藥品監管總局仍需和農業、衛生以及商務、公安等部門協調，共同加強食品安全監管，并與衛生、工商等部門協作，加強醫療機構、藥品廣告等監管；另一方面，食品藥品安全監管機構的整合，亦要求食品藥品安全監管手段和治理工具的改革與創新。“食品藥品監管任重而道遠。”宋華琳建議，通過完善食品藥品標準、構建食品藥品安全信用體系，通過引入強制信息披露、違法事實公布、行業禁入等制度，通過政府設定最低監管要求、食品藥品行業形成行業共識、食品藥品企業對自己提出更高自律性要求等措施，減少監管和治理成本，更好地實現監管目標。