農藥（特別是有機磷和氨基甲酸酯類農藥）是目前生產品種最多、使用量最大、也最可能引起強烈中毒反應的污染物。長期進食農藥污染的不合格蔬菜會產生慢性農藥中毒，影響人的神經功能等，嚴重時會引起頭昏多汗、全身乏力，繼而出現惡心嘔吐、腹痛腹瀉、流涎胸悶、視力模糊、瞳孔縮小等癥狀。

        浸泡水洗法：蔬菜污染的農藥品種主要為有機磷類殺蟲劑，有機磷殺蟲劑難溶于水，此種方法僅能除去部分污染的農藥。但水洗是清除蔬菜水果上其它污物和去除殘留農藥的基礎方法，主要用于葉類蔬菜，如菠菜、金針菜、韭菜花、生菜、小白菜等。一般先用水沖洗掉表面污物，然后用清水浸泡，浸泡不少于10分鐘。果蔬清洗劑可增加農藥的溶出，所以浸泡時可加入少量果蔬清洗劑。浸泡后要用流水沖洗兩三遍。

        堿水浸泡法：有機磷殺蟲劑在堿性環境下分解迅速，所以此方法是去除農藥污染的有效措施。可用于各類蔬菜瓜果。方法是先將表面污物沖洗干凈，浸泡到堿水中（一般500毫升水中加入堿面5到10克）5到15分鐘，然后用清水沖洗3到5遍。

        去皮法：蔬菜瓜果表面農藥量相對較多，所以削去皮是一種較好的去除殘留農藥的方法。可用于蘋果、梨、獼猴桃、黃瓜、胡蘿卜、冬瓜、南瓜、西葫蘆、茄子、蘿卜等。

        儲存法：農藥在存放過程中隨時間能夠緩慢地分解為對人體無害的物質。所以對易于保存的瓜果蔬菜可通過一定時間的存放，較少農藥殘留量。適用于蘋果、獼猴桃、冬瓜等不易腐爛的種類。一般存放15天以上。同時建議不要立即食用新采摘的未削皮的水果。

        加熱法：氨基甲酸酯類殺蟲劑隨著溫度升高，可加快分解。所以對一些其它方法難以處理的蔬菜瓜果可通過加熱去除部分農藥。常用于芹菜、菠菜、小白菜、圓白菜、青椒、菜花、豆角等。先用清水將表面污物洗凈，放入沸水中2到5分鐘撈出，然后用清水洗一、二遍。