生長遲緩只是一個病征，它背后有很多可能的肇因。針對這諸多原因，我們可粗略的將之分為先天性因素及后天性因素兩大類來加以分述。很多先天性疾病都會造成生長遲緩的問題，如：先天性心肺疾病(先天性心臟病、纖維性囊腫)、染色體異常(透納氏癥候群)、先天性進食障礙(裂顎、幽門狹窄)、先天性內分泌異常(生長激素分泌不足、甲狀腺功能異常)。懷孕時若因母親的胎盤功能不良或是感染因素，會使胎兒發生子宮內生長遲滯的情形，這些小孩出生后也可能會有永久性或是暫時性的生長遲緩情形。早產兒在嬰兒期也常會有生長遲緩的情形，但多半日后會趕上，所以不宜以一般的生長曲線來評估是否生長遲緩。他們的生長發育通常會較足月產的嬰兒略慢，需到一、兩歲后才會趕上。這些先天性因素多半可藉由新生兒篩檢，或者新生兒體檢時早期發現，或者在出生后不久就因癥狀明顯而容易被診斷出來。因而只要能夠早期加以矯治反而比較不容易產生嚴重的生長遲緩問題。當然其中仍有一些是無法矯治或是不容易矯治，因而注定會影響生長發育者。先天性因素在出生時就已定案，通常無法或難以加以預防，因此，如就預防這個層面來講的話，對后天性因素的認識反而顯得較為重要。可能使嬰幼兒出現生長遲緩現象的后天性因素也不少，很多慢性感染都會影響到小孩子的生長發育，如寄生蟲感染、肺結核、慢性泌尿道感染。對牛奶蛋白過敏或是有乳糖不耐癥的小兒，若未經確診治療，而致慢性腹瀉的話，一定會帶來生長遲緩的問題。某些藥物的不當使用也可能引發生長遲緩，如：長期不當的使用類固醇。受虐兒承受心理及生理雙重的壓力也會有生長遲緩的現象。不當的喂養方式也是使嬰幼兒生長遲緩常見的原因，如：因嬰幼兒腸胃道敏感，容易拉肚子，不思就醫改善，卻逕行泡稀奶粉，長期喂食，導致營養不良；或者，已到了該添加副食品的月數卻一直不敢添加，也是常見導致生長遲緩的原因。后天性生長遲緩的原因多半是可逆性的，只要能早期發現，及時矯治后，這些生長遲緩兒的成長多半會漸漸追上正常的小孩。相反的，若長時不察，除了身材發育的影響外，甚至連智力的發展也會受到影響，尤其是滿一歲前就開始出現生長遲緩的小孩。同時，生長遲緩的小孩也容易在心理社會行為上出現適應不良的現象。