當前國內環境不斷惡化已是事實，這對糧食的生長造成危害。目前，我國耕地面積逐步減少，另一方面，耕地的質量也在下降，最突出的問題時生態環境惡化和污染，具體表現為農業生態系統惡化、農業化學污染和工業污染物的大量排放。
 
    首先，農業生態系統惡化對糧食安全構成威脅。我國由于沉重的人口壓力，對自然資源的不合理利用，生態環境整體惡化的趨勢沒有得到根本改善。水土流失、土地退化、荒漠化、水體和大氣污染、森林和草地生態功能退化等，已成為制約生態農業發展的主要障礙。據估計，我國遭受水土流失（水蝕和風蝕）的耕地達到4540萬多公頃，大約占耕地總面積的50％。三分之一至一半的耕地缺磷，四分之一至三分之一的耕地缺鉀，缺乏微量營養元素的土壤也正在增加。中科院地理科學與資源研究所研究員孫鴻烈院士指出，水土流失導致土地退化、耕地毀壞，我國因水土流失而損失的耕地平均每年約100萬畝。
 
    其次，農業化學污染和重金屬污染加劇了糧食安全的擔憂。農業源污染物排放對水環境的影響較大，其化學需氧量排放量為1324.09萬噸，占化學需氧量排放總量的43.7%。農業源也是總氮、總磷排放的主要來源，其排放量分別為270.46萬噸和28.47萬噸，分別占排放總量的57.2%和67.4%。隨著“鎘大米”事件的曝光，人們對重金屬污染的關注也達到了前所未有的熱度。正是由于“鎘大米”直接危及到主糧安全而成為重金屬污染的一個縮影。
 
    第三，工業污染物的大量排放也影響糧食安全。工業污染主要指廢水、廢氣和固體廢物“三廢”。三廢污染是導致農業生態環境惡化的重要原因，也是農業糧食減產的重要原因。據統計，我國利用污水灌溉的面積為361.84萬公頃，占全國總灌溉面積的7.3%。全國COD的普查是3028.96萬噸，比2007年的統計數據增加了119%。普查結果顯示，淮河、海河、遼河、太湖、滇池、巢湖等水污染防治重點流域接納主要水污染物數量大，工業污染物排放主要集中在少數行業和局部地區，污染結構性問題十分突出。