不宜和青瓜同食。青瓜含有一種維生素C分解酶，會破壞其他蔬菜中的維生素C，番茄富含維生素C，如果二者一起食用，會達不到補充營養的效果。

服用肝素、雙香豆素等抗凝血藥物時不宜食。番茄含維生素K較多，維生素K主要催化肝中凝血酶原以及凝血活素的合成。維生素K不足時，會使凝血時間延長造成皮下和肌肉出血。

空腹時不宜食用。番茄含有大量可溶性收斂劑等成分，與胃酸發生反應，凝結成不溶解的塊狀物，容易引起胃腸脹滿、疼痛等不適癥狀。

不宜食用未成熟的番茄。青番茄含有生物堿甙（龍葵堿），食用后輕則口腔感到苦澀，重時還會有中毒現象。

不宜長久加熱烹制后食用。長久加熱烹制后會失去原有的營養與味道。

服用新斯的明或加蘭他敏時禁食。