國家質量監督檢驗檢疫總局頒布的《加強食品質量安全監督管理工作實施意見》（國質檢監(2002)185號）表明，QS的工作機構分為四級，分別為國家質監總局，各省、自治區、直轄市質量技術監督局，市（地）級質量技術監督部門和縣級質量技術監督部門。其中，最終審批權在國家質監總局，其他三機構只具備檢測、監督、上報申請和通報結果的權限。

一個符合認證條件的獨立的食品生產加工企業，要拿到QS認證簡單來說大致需要以下步驟： 

一、到企業所在地的市（地）級質量技術監督部門或者到省級質量技術監督部門提出辦理《食品生產許可證》的申請。  

二、填寫《食品生產許可證申請書》，并提交工商營業執照、食品衛生許可證、企業代碼證復印件各１份，企業廠區布局圖和生產工藝流程圖（標注有關鍵設備和參數）各１份，企業產品標準１份，企業質量管理文件１份。

三、（1）書面材料符合要求的，發給《食品生產許可證受理通知書》。

（2）企業在發出申請材料后，省級、市（地）級質量技術監督部門會在15個工作日內，組織審查組完成書面材料審核工作并通知企業。

四、書面材料審查合格以后，企業將在70個工作日內接受有關質量技術監督部門對企業的生產必備條件、檢驗能力的現場審查和對企業生產食品的抽樣檢驗。 

五、經審查符合發證條件之后，質量技術監督部門將在10個工作日內對審查報告進行審核，確認無誤后，由省級質量技術監督部門統一匯總符合發證條件企業的材料，并在15個工作日內將該企業名單及相關材料報國家質監總局。

六、省級質量技術監督部門根據國家質監總局的批復，在15個工作日內，將《食品生產許可證》發給該生產企業。（注：《食品生產許可證》有效期一般為３至５年）

七、取得《食品生產許可證》以后，在食品的最小銷售包裝上，標注《食品生產許可證》編號及QS標識。

八、強制檢驗：

1、企業具備產品出廠檢驗能力的，由企業自行進行產品出廠檢驗。實施自行檢驗的企業，每隔６個月應當接受企業所在地質量技術監督部門指定的檢驗。

2、企業不具備產品出廠檢驗能力的，應當按照就近就便的原則委托國家質監總局統一公布的、具有法定資格的檢驗機構進行食品出廠檢驗，并與檢驗機構簽訂委托檢驗合同。  

九、年度審查。取得《食品生產許可證》的企業，應當在證書有效期內，每滿１年的前１個月內，向所在地的市（地）級以上質量技術監督部門提出年審申請。

十、期滿換證審查。企業在《食品生產許可證》有效期滿前６個月提出換證申請。