隨著物質水平的提高，生存環境惡化，保健意識的重視，催生了益生菌產業的發展，且成為全球食品與健康的十大趨勢之一（腸道保護）。研究和實踐表明，益生菌在水產、種養業，環保，藥品、食品生產等多行業領域都得到了廣泛運用。

    一．益生菌應用之乳制品

    在益生菌的細分市場中，益生菌乳制品市場依然占據大部分比例，乳制品成為益生菌的最佳載體，而益生菌在乳制品中的運用正在加速推廣，其有望迎來產業擴容。在60周年之際，塘乳業2016新鮮盛典”，發布“味嚼2016”、“歲月臻典”和“益生君”三大系列近十款新產品，大部分是主打益生菌的酸奶產品。而酸奶系列的產品一直以來深受年輕人的喜愛，尤其是當商家推出各種口味的酸奶時，進一步豐富了消費者的口感體驗。

    二．益生菌應用之保健品

    關于腸道健康與免疫力方面，上海交通大學醫學院附屬上海兒童醫學中心免疫科主任陳同辛教授指出，臨床實驗表明嬰兒和兒童服用益生菌能帶來調整腸道微生物群，治療急性腹瀉、預防急性腹瀉、減少抗生素引起的腹瀉等益處。而雙歧桿菌對早產兒有改善免疫分泌、增加體重等功能。益生菌有利于人體的健康，增強免疫力。

    三．益生菌應用之水產品

    水產養殖業是我國漁業的頂梁柱，然而，隨著養殖“四化”現象的加劇，每年因水產病害而造成的巨大損失讓水產養殖業者們苦不堪言，極大的影響了水產養殖者的養殖信心。益生菌是一類從宿主體內分離的正常有益菌群制成的活菌制劑及微生物發酵產品，在水產養殖中主要有降解有機質、分解轉化有害物質、平衡水體微生態、抑制有害菌群的繁殖、增強養殖動物免疫力、維持藻相平衡等作用，“低產培藻、高產培菌”也由此而來，可見益生素對水產養殖的影響。

    相關數據顯示，乳制品、藥品沖劑、保健品、動物用益生菌這四大領域占據了益生菌總市場的98.35%，未來其細分程度將繼續提高，而益生菌乳制品市場比例或稍有減少，但規模卻仍可保持增長。目前我國益生菌市場存在產品內容豐富但菌種研發有待提升的現象，因此對于益生菌的運用，還得提高技術的研發，充分發揮其功能。而目前益生菌產品的含糖量還是偏高，未來益生菌產品發展趨勢或走向低糖化、高奶化。