省農科院甘蔗研究所創新育種思路，大規模開展甘蔗品種選育和改良，“十一五”以來自主選育的7個甘蔗新品種已成為我省新一代主推品種，今年選育開發出6個新品種并實際應用于生產，使云蔗型品種首次超過了外引種，成功實現了我省甘蔗品種由自育種、引進種平分天下到自育種占據主導地位的歷史性轉變。

作為全國第二大甘蔗生產基地，針對云南甘蔗產業發展中存在的科技問題，省農科院甘蔗研究所依托國家甘蔗品種改良分中心、國家甘蔗種質資源圃、國家云南甘蔗良種繁育基地等平臺，積極進行甘蔗新品種選育和快速繁殖推廣。該所首次將國外家系評價技術與國內單株選擇技術有機結合，在全國首創了“核心家系生態”育種法，并申請了國家專利保護，形成了一套科學、高效的育種體系。與此同時，該所充分發揮甘蔗種質創新優勢和育種雜交制種優勢，在瑞麗甘蔗雜交基地大力開展野生種的遠緣雜交、回交，獲得了大批珍貴的育種基礎材料和親本。2007年，該所向全國甘蔗育種機構產業化提供新型雜交組合訂單394個，占全國規模的30%以上。

在2008年參加云南省甘蔗品種區試的9個品種中，省農科院甘蔗研究所自育的品種占了90%；國家在南方5個省區進行的甘蔗品種區試生產示范中，甘科所選育的品種占30%；由省科技計劃立項支持，甘科所選育的云蔗94－375是我省育成的第一個糖能兼用甘蔗新品種。“十一五”以來，省甘科所每年向云南蔗區提供甘蔗新品種原種2000噸以上，占云南省每年提供原種數量的90%左右，已成為云南新一代甘蔗品種改良的主導種源。此外，由甘科所選育的云蔗99－91、云蔗99－601、云蔗02－2332、云蔗03－258等一批創新品種在生產上的應用面積也在逐年擴大。