甘蔗伸長期水分過多，蔗田積水或地下水位過高對甘蔗生長發育不利，特別是洪水淹沒蔗頂則危害更大，甚至造成失收。如果受澇甘蔗浸沒頂3～5天，受害較輕；浸沒頂5～10天，則死亡率逐漸增大；浸沒頂達10天以上死亡嚴重，蔗頭也不能保存。甘蔗受浸后生長點逐漸受害，水退后蔗株會逐漸干枯死亡。而從受浸時間來看，留宿根的蔗田如果積水達一個月或更長時間，將大大影響發株；正在生長的甘蔗，未浸沒頂但積水10～15天，根莖葉的生理機能均受到破壞，葉色變黃，長勢變差，俗稱“發水黃”，根部萎縮，莖縮小，蔗莖常長出氣根和抽側芽，有效莖減少，產量大大降低。積水時間越長，減產就越嚴重。
 
    根據研究表明，水淹宿根蔗的錘度比正常宿根蔗的錘度平均少1.94%,蔗糖分積累平均少1.52%,水淹新植蔗的錘度比正常新植蔗平均少0.37%，蔗糖分平均少0.18%。歷史上，98年、05年、06年，廣西都曾發生過洪澇災害，以來賓市為例，05年發生過較為嚴重的洪澇災害，其中日降雨量曾達到300-400毫米，當年的甘蔗單產不到4噸，而在無自然災害的年份，來賓市的甘蔗畝產平均都能達到5噸。
 
    洪水沒有淹沒頂的甘蔗在15天之內一般危害不大，如果浸泡時間過長，超過一個月以上的話，對甘蔗將造成嚴重的影響，根的呼吸作用受到抑制，影響養分和礦物質的吸收。被水淹過的甘蔗，一般會長出較多的雜草，蟲害也會有所增多，出現天牛、螟蟲增多的情況，在一些極端天氣過后，存活下來的病蟲害生命力更頑強，繁殖能力也更強。