乳酸菌行業至今卻仍在使用2003年制定的《乳酸菌飲料》和《乳酸菌飲料衛生標準》兩個相關文件，這也導致了乳酸菌行業的種種亂象。QB1554《乳酸菌飲料》和GB16321《乳酸菌飲料衛生標準》，對乳酸菌數量作出規定：出廠3天內產品乳酸菌含量必須高于1×106CFU/ml，即每毫升乳酸菌飲料中要含100萬個活菌；在銷售時，只要有活性菌檢查出來即可。
 
    全球最大的活性乳酸菌飲料商養樂多早已將活性乳酸菌的數量升至1×107/ml，這一數字是我國標準的10倍。而且，由于冷鏈系統的不完善，以及很多商超終端的冰柜都是開放式，益生菌飲料無法全程保持在低溫中，這樣的乳酸菌飲料，其活性成分很難保證。在一些小超市和農貿市場，時代周報記者看到，不少乳酸菌飲料就在常溫下置放、銷售。
 
    因此，業內提高國標的呼聲越來越高。2011年《食品安全國家標準飲料》發布了征求意見稿，其中最重要的一點就是，其中活菌型的產品乳酸菌數量不再只是保證出廠時而是要在保質期內大于106CFU/g(ml)。但是，宋亮表示，盡管討論多年，新國標何時能出臺，還未可知，目前也無時間表。