農業部官網公布對十二屆全國人大四次會議第3694號建議的答復，在該回復中，農業部沒有對建立“非轉基因大豆保護區”的建議表示肯定。

    上述文件提到，第3694號建議對非轉基因大豆冠以“綠色”稱謂。農業部在針對該建議的回復中稱，目前中國沒有批準轉基因糧食作物商業化種植，若建立“非轉基因大豆保護區”，容易誤導消費者對轉基因作物的認識以及引起公眾對其它種植區的誤解。因此，建立非轉基因大豆保護區需相關部門綜合考慮多方面因素后進一步研究和充分論證。

    但此前，6月15日，農業部官網公布《農業部辦公廳關于做好大豆綠色高效技術集成示范項目落實工作的通知》，共計安排資金560萬元，用于建設補助，預期目標為“促進非轉基因高蛋白食用大豆發展，進一步提高大豆單產品質，降低大豆生產成本，發揮大豆生態效應”。

    對于大豆收購價，農業部回復稱，國家不宜再直接干預大豆市場價格。中國大豆價格已于1996年放開，隨后國產非轉基因大豆和進口轉基因大豆價格均由市場供求形成，具體價格水平高低由買賣雙方協商確定。

    但農業部同時表示，有關部門將繼續完善大豆目標價格補貼政策，以保障大豆產業的持續健康發展。

    對于設立國家綠色大豆產業基金的建議，農業部回復稱，國家已通過國家科技計劃、現代農業產業技術體系建設專項資金、投入基本運行經費和科研經費等給予了支持。為避免交叉重復，不宜在各細分領域另行設立研發專項或基金。

    據中國經濟網3月14日報道，全國人大代表、哈爾濱市人大常委會主任王穎建議，首先，國家以立法形式，在哈爾濱市建立非轉基因大豆保護區。其次，實行非轉基因與轉基因大豆差額定價，打造非轉基因賣點，形成非轉基因獨立的定價體系。三是提高大豆目標價格補貼標準。建議國家從支持東北老工業基地振興角度出發，對哈爾濱天然非轉基因大豆種植區的農民施行合理有效的目標價格補貼，以大豆與玉米的比較效益差額為標準，提高大豆目標價格補貼標準。最后，要加大對哈爾濱市非轉基因大豆精深加工企業的扶持力度。

    王穎表示，自大豆退出定購價收購范圍后，哈爾濱市非轉基因大豆的種植農民和加工企業處境艱難，近兩年情況愈發嚴重。原因在于，與非轉基因大豆相比，進口轉基因大豆價格低且出油率高。進口轉基因大豆不斷涌入，沿海大豆加工產能不斷擴張，非轉基因大豆加工行業不僅數量銳減，企業經營也處于負利潤狀態，非轉基因大豆種植面積隨之大幅減少，種植非轉基因大豆農民的積極性嚴重受挫。由于黑龍江省在保護非轉基因大豆方面采取了較為具體的措施，九三糧油工業集團有限公司等龍頭企業不得不在外埠從事加工活動，以彌補在哈爾濱市的虧損局面。